Skip to content

Mutacje i przeżycie TP53 w raku płaskonabłonkowym głowy i szyi cd

3 miesiące ago

563 words

Test GeneChip (Affymetrix) przeprowadzono tak, jak opisano uprzednio 22, 27 w celu wysokowydajnego wykrywania mutacji w eksonach 2 do 11. DNA wyekstrahowany z tkanki zatopionej w parafinie często ulegał rozkładowi, co skutkowało nieokreślonymi wynikami w kilku pozycjach nukleotydów na chipie genu p53. . Zastosowano analizę Surveyor lub DHPLC (lub obu) w celu określenia, które z nieokreślonych wariantów sekwencji były zmianami genetycznymi i które były artefaktami. Wszystkie mutacje wykryte przy pomocy testu GeneChip p53 lub analizy Surveyor-DHPLC zostały potwierdzone przy użyciu automatycznego sekwencjonowania (zestaw do sekwencjonowania cyklicznego ABI BigDye) lub bezpośredniego sekwencjonowania dideoksynukleotydów.22 Klasyfikacja mutacji
Prace opublikowane przed końcem badania, w którym opisano różnice strukturalne i funkcjonalne między różnymi mutacjami TP53, zostały użyte do zdefiniowania dwóch kategorii, w oparciu o lokalizację mutacji23 i przewidywane zmiany aminokwasów.28 Mutacje destrukcyjne to niekonserwatywne mutacje zlokalizowane wewnątrz kluczowego DNA wiążącą domenę (region L2-L3) lub zatrzymujące kodony w dowolnym regionie, a mutacje niepoddające się zakłóceniom to konserwatywne mutacje lub niekonserwatywne mutacje poza regionem L2-L3 (z wyłączeniem kodonów stop). (Dodatkowe informacje na temat metody klasyfikacji można znaleźć w Dodatku uzupełniającym, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org).
Analiza statystyczna
Dane laboratoryjne i kliniczne zostały przesłane do centrali ECOG. Analizę przeprowadzono w centrum statystycznym ECOG. Statystyki opisowe zostały wykorzystane do scharakteryzowania podstawowych cech pacjentów. Krzywe przeżycia zostały oszacowane zgodnie z metodą Kaplana-Meiera, 29, a różnice według kategorii statusu mutacji zostały przebadane przy użyciu testu log-rank30. Czas przeżycia zdefiniowano jako czas od wejścia do badania aż do śmierci lub do ostatniego badania kontrolnego. . Przeżycie wolne od progresji definiowano jako czas od rozpoczęcia badania do śmierci lub nawrotu raka. Dane dotyczące pacjentów, którzy żyli bez nawrotu w czasie analizy, zostały poddane cenzurze podczas ostatniej kontroli. Dokładny test Fishera, 31 test t-Studenta i dokładny test Mehty dla uporządkowanych danych kategorycznych32 zostały użyte do porównania pacjentów zi bez mutacji w punkcie wyjściowym.
Do oceny jednozmiennej prognostycznej istotności zmiennych nowotworu na przeżycie całkowite zastosowano modele proporcjonalnego hazardu33. Wartości P dla współczynników hazardu obliczono za pomocą testu ilorazu wiarygodności. Korzystając z modeli wielowymiarowych proporcjonalnych zagrożeń Coxa, wzięliśmy pod uwagę status TP53, miejsce i stadium guza, stopień węzłowy, historię palenia tytoniu, średnie spożycie alkoholu i rodzaj leczenia. Historia palenia została włączona jako zmienna ciągła, podczas gdy wszystkie pozostałe czynniki uznano za zmienne kategoryczne. Współczynniki zagrożenia zostały obliczone w odniesieniu do grupy odniesienia. Kryterium informacyjne Akaike a34 zostało użyte do oceny względnej przydatności modelu. Metoda opracowana przez Gray35 została wykorzystana do zbadania danych dotyczących śmierci z powodu raka płaskokomórkowego głowy i szyi oraz śmierci z innych przyczyn. Wartości P mniejsze niż 0,05 uważano za wskazujące na istotność statystyczną.
Wyniki
Wyłączenie pacjentów
Spośród 560 zarejestrowanych pacjentów, wyłączyliśmy 16, ponieważ nie spełniali kryteriów kwalifikowalności, ponieważ żadna próbka nowotworu nie była dostępna (z powodu niepowodzenia lekarza w dostarczeniu próbki lub niewystarczającej ilości komórek nowotworowych w próbce), i 36, ponieważ ich próbki nie mogły być analizowane (ponieważ DNA nowotworu nie można było wzmocnić)
[przypisy: kosmedica, dentus toruń, wyrostek rylcowaty ]

0 thoughts on “Mutacje i przeżycie TP53 w raku płaskonabłonkowym głowy i szyi cd”